Het vaarexamen wordt afgelegd bij een instantie die de VAMEX heet. VAMEX staat voor vaarbewijs en marifoon examens. Zowel het Klein Vaarbewijs als het Groot Vaarbewijs is geregeld via de VAMEX. Deze kent in Nederland 5 vestigingen waar het examen afgelegd kan worden. Wanneer je je wilt inschrijven voor een vaarexamen kun je dus kiezen voor de vestiging die het dichtstbij de regio ligt waar je woont. De regio's die afleggen van het vaarexamen betreft zijn de volgende: Alkmaar, Den Bosch, Dordrecht, Zoetermeer en Zwolle. Op deze locaties kan men het schriftelijke examen maken. Dit examen is noodzakelijk voor zowel het Grote Vaarbewijs als het Kleine Vaarbewijs.
Het is ook mogelijk om indien je in de buurt woont van België, is het ook mogelijk te kiezen voor een vestiging in België wanneer dit dichter bij huis ligt. Het is namelijk zo geregeld dat het Belgische en het Nederlandse vaarbewijs gelijk zijn aan elkaar. Het is dus niet noodzakelijk om bij een Nederlandse vestiging van de VAMEX je vaarbewijs te halen.
Het is nog niet verplicht om een praktijk examen af te leggen. Zowel het Klein Vaarbewijs als het Groot Vaarbewijs kan worden behaald zonder afleggen van een praktijk examen.
Dit wil de overheid echter in de toekomst gaan veranderen. Zij wil net zoals bij het bromfietscertificaat een praktijkexamen gaan invoeren voor het vaarbewijs. Dit is echter pas mogelijk wanneer er genoeg kandidaten zijn voor het behalen van een vaarbewijs omdat het praktijkexamen zelfstandige ondernemers vraagt die het mogelijk maken te 'oefenen'. Voor het behalen van een Groot Vaarbewijs voor beroepsmatig gebruik is het echter wel nodig dat je aan kunt tonen dat je de nodige ervaring hebt met het varen op het water.